液体进样器在进样位置，泵和样品定量环联接，将全部样品从环冲洗到柱，针口和排泄管联接，整个进样过程中，联接管线并没有任何变动，只是联接的三个弧形槽转动60度。当针抽完样品，扎进针座的瞬间，进样阀同时切换位置，将样品引入系统，完成进样动作，液体进样器可以设置其洗针，液相自动进样器的洗针，只是把针在洗针瓶里面沾一下，也就是说洗的是针的外部，进样针是死体积的一部分。液体进样器的进样针洗针是外部和内部一起洗，进样针不是气相色谱死体积的一部分。
液体进样器的故障容易被发现，有时液相色谱仪系统出了故障而不能确定是否是进样器故障，可以用手动进样几次，或用一台好的自动进样器代替，如排除了故障，说明自动进样器有了问题，不同厂商的自动进样器差异很大，除一些共性故障外，较好查阅操作手册或与供应商。
除液体进样器机械、控制系统可能出现故障外，在操作及方法学方面也可能出现相应的问题，这里主要根据自动进样器的设计特点，对试验过程中可能出现的问题进行说明。
一、滞后体积
液体进样器中滞后体积是指流动相混合器到柱头的体积，包括溶剂混合器和混合器到柱头之间连接管的体积，对于低压混合系统，也包括泵体积。滞后体积较大可能导致实验的重复性差、方法移植困难，通常的HPLC系统中，滞后体积一般在0.2mL～5mL之间，主要取决于装置的设计。
滞后体积中较重要的部分为自动进样器的定量环体积。只有定量环体积小于100μL时，其对滞后体积的影响才可以近似不计。当定量环体积较大时，这种影响将表现出来。例如，采用50μL的定量环时滞后体积为300μL，如果改用1mL定量环，滞后体积将变成1250μL，这种变化直接影响到色谱分离结果。在实际分离过程中，采用的色谱柱较细时，必须考虑滞后体积的影响，解决的办法为更换较小的定量环，减小滞后体积。
二、样品瓶过满
如果样品瓶过满，在瓶盖较紧、进样量较大的情况下，可能会导致进样重复性变差。其原因为样品瓶中的样品被抽出时，盖紧的瓶盖不能使空气及时进入，造成部分真空。由于这种真空作用，注射器不能够吸取足够量的样品体积。在的情况下，对于挥发性稀溶液样品，针内甚至会出现气泡，影响液体进样器分析工作的正常进行。
